สำนักวิชาแพทยศาสตร์ ได้รับการอนุมัติให้จัดตั้งโดยสภามหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง เมื่อวันที่ 18 มกราคม 2555  เพื่อสนองต่อนโยบายของรัฐในด้านการเสริมสร้างสุขภาพของประชาชนอย่างครบวงจร และมีคุณภาพมาตรฐาน ยกระดับคุณภาพของระบบหลักประกันสุขภาพถ้วนหน้า ปฏิรูประบบบริหารจัดการทางการแพทย์และสาธารณสุขให้มีประสิทธิภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งการพัฒนาและเพิ่มจำนวนแพทย์เพื่อสนองตอบตามความต้องการของท้องถิ่นในเขตภาคเหนือตอนบน สำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ได้รับการรับรองหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต จากแพทยสภา เมื่อวันที่ 7 กุมภาพันธ์ 2556 และทำการเปิดรับนักศึกษารุ่นแรกในปีการศึกษา 2556 จำนวน 32 คน โดยมี พลโท ศาสตราจารย์เกียรติคุณ นายแพทย์ นพดล วรอุไร อดีตประธานราชวิทยาลัยศัลยแพทย์แห่งประเทศไทย ดำรงตำแหน่งคณบดีสำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง[2]

เมื่อวันที่ 18 ธันวาคม พ.ศ. 2555 คณะรัฐมนตรีได้อนุมัติโครงการก่อสร้าง โรงพยาบาลศูนย์การแพทย์มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง โดยมุ่งหวังให้เป็นสถานที่สำหรับการเรียนการสอนนักศึกษาในกลุ่มวิทยาศาสตร์สุขภาพของมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง และเพื่อเป็นโรงพยาบาลหลักของ สำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง สำหรับการเรียนการสอนของนักศึกษาแพทย์ต่อไป ซึ่งการก่อสร้างโรงพยาบาลศูนย์การแพทย์มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงแล้วเสร็จ และจะเริ่มเปิดให้บริการแก่ประชาชนทั่วไปตั้งแต่ปี พ.ศ. 2561 เป็นต้นไป[3]